Para cumprir a sua função de promover a integração entre o setor produtivo, a extensão e a pesquisa científica para subsidiar e alavancar as iniciativas de desenvolvimento do agronegócio do pescado, sempre com o foco na sustentabilidade e na segurança alimentar, o Instituto de Pesca conta com quatro Centros de Pesquisa que atuam nas diversas áreas que têm interface com a pesca e a aquicultura.

Os Centros de Pesquisa do Instituto de Pesca atuam ao longo da costa paulista e no interior do Estado de São Paulo com a finalidade de gerar, adaptar e transferir conhecimentos científicos e tecnológicos para os agronegócios da pesca e aquicultura, visando ao uso racional dos recursos aquáticos.